Analisis Filogenetik Bakteri Indigen Penghasil Senyawa Siderofor Dari Rizhosfer Padi Sebagai Agen Pupuk Hayati Berdasarkan Gen 16S rRNA

Abstrak

Pencarian isolat bakteri yang mampu memperbaiki kualitas tanah yang kurang baik menjadi alternatif agen pupuk berbasis agen biologi. Ditemukan 3 bakteri yang memiliki kemampuan menghasilkan senyawa siderofor yang digunakan untuk meningkatkan fertilitas tanah. Analisis filogenetik terhadap ketiga isolat dilakukan untuk mengetahui indentitas bakteri siderofor tersebut berdasarkan DNA barkoding gen 16s rRNA. Proses analisis dilakukan dengan membandingkan sekuen DNA pada basic data di lama NCBI menggunakan program BLAST. Kemudian dilakukan multipel pairwais terhadap semua sekuen sampel dan referensi dan tahap rekonstruski pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode neighnor-joining dengan model kimura 2 parameter pengulanan bootsrap 1000 kali. Hasil Analisis filogenetik menunjukkan bahwa bakteri siderofot yang berasar dari Tasik  memiliki kekerabatan terdekat dengan bakteri Burkholderia sp. strain DBD1 dengan nilai bootsrap  64%. Sekuens yang berasal dari Garut memiliki kekerabatan terdekat dengan Chryseobacterium sp. strain Ppi2-ST-2 dengan nilai boostrap 81%, sedangkan strain bakteri yang berasal dari Cianjur memiliki kekerabatan paling dekat dengan Bacillus magaterium strain PHB 06 dengan nilai bootsrap sebesar 88%.